אנטי וירוס

עלויות חידוש בלתי צפויות
חלק מחברות האנטי וירוס כוללות בהסכם חידוש אוטומטי וחיוב אוטומטי של כרטיס האשראי בזמן החידוש ללא צורך באישור מחדש. אולם לחלק מחברות האנטי וירוס יש תוכנות חינם וכך גם העדכון. 

אפליקציות בטחון שקריות
חלק מתוכנות האנטי וירוס הן למעשה תוכנות מזיקות שמתחזות לתוכנות אנטי וירוס.

חיובי כוזב
חיובי כוזב אומר זיהוי קובץ כווירוס כאשר הוא לא. אם תוכנת אנטי וירוס מתוכנתת למחוק מיד או לשים בהסגר תוכנות בעיתיות, חיוב כוזב של תוכנות נחוצות יכול להפוך תוכנות אלו לבלתי שמישות.

סוגיות הקשורות למערכת
הרצה של מספר תוכנות אנטי וירוס בו זמנית יכול להוריד ביצועיים וליצור סתירות. לפעמים צריך לנטרל זמנית את פעילות האנטי וירוס כשמתקינים עדכונים רציניים כמו חבילות שירות של WINDOW או עדכון התקן של כרטיס גרפי. תוכנות אנטי וירוס פעילות יכולות למנוע באופן חלקי או מלא התקנה של תוכנות מרכזיות.

יעילות
מחקרים בדצמבר 2007 הראו כי יעילות תוכנות האנטי וירוס פחתה בשנים האחרונות, במיוחד נגד וירוסים חדשים ולא ידועים. מגזין מחשבים גרמני (c’t) מצא כי קצב הזיהוי ירד מ-40-50%  בשנת 2006 ל-20-30% בשנת 2007. באותו זמן יוצא הדופן היה תוכנת האנטי וירוס 32NOD בעלת קצב זיהוי של 68%.
הבעיה גדלה בשינוי של כותבי הוירוסים. בעבר היה ברור מתי המחשב נדבק בווירוס. הוירוסים הישנים, שהיו כתובים ע"י חובבנים, הציגו התנהגות הרסנית. וירוסים מודרניים כתובים לעיתים קרובות ע"י מקצוענים, שממומנים ע"י ארגוני פשע. 
תוכנות אנטי וירוס מסורתיות מריצות את הזיהוי לפי לוח זמנים, במקרה הצורך וחלקם מריצים סריקה בזמן אמת. אם מתגלה וירוס או תוכנה מזיקה, הקובץ החשוד בד"כ מושם בהסגר כדי לא לאפשר לשינויים שהוא מבצע להרוס את המערכת. תוכנות אנטי וירוס מסורתיות יכולים לסרוק ולהשוות כנגד מילון, שמעודכן ומופץ לעיתים קרובות, של תוכנות מזיקות, ידוע גם כרשימה שחורה. לחלק מפתרונות האנטי וירוס יש אפשרות נוספת להשתמש בשיטת גילוי מבוססת זיהוי, אשר בודק את הקובץ לעומק כדי לבדוק אם הוא מתנהג באופן דומה לתוכנות מזיקות אחרות. טכנולוגיה חדשה, שחלק מחברות האנטי וירוס משתמשות בה, נקראת רשימה לבנה. טכנולוגיה זו בודקת קודם אם אפשר לסמוך על הקובץ ואח"כ בודקת את אלו שלא.